Từ năm 1698 đến năm 1731, một số lưu dân từ miền Bắc, miền Trung do không cam chịu sự thống trị hà khắc của phong kiến triều Trịnh-Nguyễn phân ranh loạn lạc nên đã đến vùng đất này để sinh cơ, lập nghiệp; lập ra những thôn ấp và nông trại, lúc đầu hình thành 06 thôn dần dần phát triển thành 18 thôn. Đến đầu thế kỷ 19, một số thôn của Hóc Môn vẫn còn những nét hoang dã, có cọp dữ nổi tiếng như "cọp vườn trầu" và có nhiều đầm môn nước mọc um tùm, nên trong dân gian địa danh "Hóc Môn" có tên gọi từ đây (hóc hẻm có nhiều cây môn).
Năm 1802, sau khi lên ngôi, vua Gia Long đã cho cải cách lại các đơn vị hành chánh, đổi phủ Gia Định thành trấn Gia Định. Đến năm 1808, vua Gia Long lại đổi trấn Gia Định thành Gia Định Thành và nâng huyện Tân Bình lên thành Phủ Tân Bình. Phủ Tân Bình có 04 huyện, trong đó có huyện Bình Dương. Lúc đó, vùng đất Hóc Môn ngày nay có tên gọi là huyện Bình Dương thuộc phủ Tân Bình của Gia Định Thành, huyện lỵ Bình Dương đóng tại làng Tân Thới Nhì (nay là vùng Trung tâm Thị trấn Hóc Môn).
Năm 1832, vua Minh Mạng đổi tên Gia Định Thành thành tỉnh Phiên An. Đến năm 1836, lại tiếp tục đổi tên tỉnh Phiên An thành tỉnh Gia Định. Năm 1841, phủ Tân Bình lại tăng thêm 01 huyện là huyện Bình Long (do 01 phần huyện Bình Dương tách ra). Lúc đó, vùng đất Hóc Môn ngày nay có tên gọi là huyện Bình Long thuộc phủ Tân Bình, tỉnh Gia Định.
Năm 1862, thực dân Pháp đã chia lại địa giới hành chính tỉnh Gia Định bao gồm 03 phủ, 41 tổng; huyện Bình Long thuộc phủ Tây Ninh, tỉnh Gia Định. Huyện lỵ Bình Long đóng tại làng Tân Thới Nhì (nay là vùng trung tâm thị trấn Hóc Môn).
Sau cuộc khởi nghĩa 18 thôn vườn trầu (1885), thực dân Pháp chính thức đổi tên huyện Bình Long thành quận Hóc Môn. Quận Hóc Môn giai đoạn 1885-1945 thuộc tỉnh Gia Định là một vùng đất rộng lớn bao gồm 04 tổng: Tổng Long Tuy Thượng, Tổng Long Tuy Hạ, Tổng Long Tuy Trung và Tổng Bình Thạnh Trung nằm trên địa bàn của 03 quận huyện: Hóc Môn, Củ Chi và quận 12 ngày nay.
Trong giai đoạn kháng chiến chống Pháp (1945-1954), Hóc Môn là một trong 04 quận của tỉnh Gia Định (Hóc Môn, Thủ Đức, Gò Vấp, Nhà Bè). Đến thời Mỹ- Ngụy chiếm đóng miền Nam (1954-1975), quận Hóc Môn tiếp tục thuộc tỉnh Gia Định. Đối với cách mạng tùy theo yêu cầu phát triển của phong trào cách mạng trong từng thời điểm, Hóc Môn có nhiều lần tách nhập, thay đổi ranh giới: từ năm 1954 đến cuối năm 1959, quận Hóc Môn bao gồm 03 quận - huyện là: Hóc Môn, Củ Chi và quận 12 ngày nay; từ năm 1960 đến năm 1961 tách ra thành 02 quận: Hóc Môn và Củ Chi; từ năm 1961 đến năm 1969, Hóc Môn và Gò Vấp sáp nhập lại thành quận Gò Môn; sau đó nhập thêm một số xã của Củ Chi thành lập phân khu Gò Môn, từ năm 1969 đến năm 1972 phân khu Gò Môn tách ra thành 04 quận nhỏ, trong đó Hóc Môn tách thành 02 quận: Đông Môn và Tây Môn; từ năm 1972 đến năm 1975: Đông Môn và Tây Môn nhập lại thành quận Hóc Môn.
Sau ngày thành phố được giải phóng (30/4/1975), Hóc Môn là 01 trong 06 huyện ngoại thành của thành phố Hồ Chí Minh bao gồm 16 xã và 01 thị trấn. Từ ngày 01/4/1997 đến nay do yêu cầu phát triển kinh tế - xã hội chung của thành phố, huyện Hóc Môn tách ra 07 xã để thành lập quận 12. Hiện nay, Hóc Môn có 11 xã và 01 thị trấn.